傳說中，每當邪惡的古老惡魔——災厄加儂降臨海拉魯王國並帶來不幸時，兩位光之勇者——女神海利亚後代的光明公主和她的騎士，都能成功地擊敗邪惡並帶回和平。海拉魯王國內的人們決定用他們先進的科技製造出守護者和四隻巨大的神獸用以協助勇者。當災厄加儂再度降臨時，勇者和公主成功地將其再次封印。
一萬年過去了，海拉魯王國曾經的輝煌先進早已不復在。但在人們發掘王國內不同區域的時候卻挖出了應該是只存在傳說中、已經廢棄許久的神獸和守護者殘骸。薩爾達公主和騎士林克決定效仿古人的做法，用這些神獸和加儂對決。他們指派了四位英傑——鼓隆族的「達爾克爾」、卓拉族的「米法」、利特族的「力巴爾」和格鲁德族的「烏爾波扎」去操控四隻神獸。但是他們沒有想到災厄加儂會從城堡正下方重新復活，災厄加儂的奇襲導致了慘劇－四位英傑被殺、城堡被毀、守護者也被邪惡力量控制反過來攻擊國民，海拉魯王國覆滅了。林克在保護薩爾達時受到重傷而被帶去治療，薩爾達則孤身一人使用自己的力量將加儂壓制在城堡中。
一百年後，康復的林克終於重新甦醒。他在一個神祕的女性聲音的帶領下遇見了一位長者，長者在告訴林克海拉魯王國的遭遇後顯現他的真實身分——海拉魯國王羅姆的鬼魂。國王告訴林克薩爾達已經將加儂給壓制在城堡內一百年了，體力已經到達極限。林克必須在加儂壯大自己的力量並破壞封印前拯救海拉魯王國。
在他的冒險途中，林克來到了四個部族的城市並在居民的幫助下登上了神獸，成功地消滅了加儂製造來操縱神獸的邪惡魔物並得到四位英傑的能力。林克也逐漸恢复百年前的記憶並取得了消滅邪惡的光明武器——大師之劍。林克之後在重新恢复的神獸的幫助下和加儂一戰，並成功擊倒了他。但加儂並沒有完全被消滅並解放成了最終型態，林克在薩爾達的幫助下經歷了一番苦戰，終於成功地讓薩爾達使用自己最後的一點光之力將加儂消滅，林克和薩爾達依舊為王國帶來了和平，兩人現在得重新建立這個被邪惡侵蝕殆盡的王國。